O pagamento pelo prédio será dividido ao longo de 22 anos e 11 meses, totalizando até 2047, em parcelas mensais de R$ 2,5 milhões, onde R$ 1,7 milhão corresponde ao aluguel e R$ 758,2 mil à compra. No entanto, a Unidade de Auditoria Especializada em Contratações (AudContratações) do TCU identificou uma série de irregularidades no contrato aditivo, principalmente relacionadas ao não cálculo dos valores pagos em aluguel ao longo de mais de uma década pelo imóvel. Além disso, a possibilidade de sobrepreço no valor da reversão patrimonial do imóvel também foi apontada.
Outras falhas foram apontadas, como a ausência de verificação de viabilidade de financiamento do imóvel por instituição financeira e desequilíbrio das cláusulas contratuais em caso de desfazimento da avença, em desfavor da Administração. O ministro do TCU, Walton Alencar Rodrigues, exigiu explicações da ANTT sobre os indícios de sobrepreço apresentados no relatório da AudContratações.
Questionada sobre o assunto, a ANTT afirmou estar em constante diálogo com o TCU e já forneceu informações técnicas e econômicas para avaliação. No entanto, a agência não divulgou a resposta enviada ao tribunal de contas. A aquisição do prédio pela ANTT continua sob escrutínio, à espera de esclarecimentos definitivos sobre os indícios de irregularidades apontados.