Segundo o relator da matéria, o senador Marcelo Castro (MDB-PI), a implementação desse programa se tornou necessária devido à queda na cobertura vacinal infantil no país. Dados do Fundo das Nações Unidas para a Infância (Unicef) apontam que a vacinação infantil no Brasil sofreu uma queda de quase 20%, colocando o país entre os 10 com menor cobertura vacinal do mundo.
Além das escolas públicas, as instituições privadas também podem participar do Programa Nacional de Vacinação, bastando manifestar interesse ao sistema de saúde local. As equipes de saúde designadas irão até as escolas para vacinar as crianças matriculadas no ensino infantil e fundamental, oferecendo as vacinas recomendadas para cada faixa etária. As campanhas de vacinação nas escolas serão divulgadas com antecedência.
Uma das polêmicas em torno do projeto foi o artigo 4º, que determina que as escolas devem enviar uma lista de alunos não vacinados à unidade de saúde e notificar os pais para que visitem uma unidade de saúde. Caso os responsáveis não compareçam em 30 dias, visitas domiciliares podem ser realizadas. Alguns senadores da oposição, como Damares Alves, Eduardo Girão e Rogério Marinho, criticaram esse artigo, alegando que ele obrigaria a vacinação das crianças. No entanto, o relator defende que o projeto não impõe obrigatoriedade, mas busca conscientizar as famílias sobre a importância da imunização.
Um acordo foi firmado para vetar a emenda que visava excluir o artigo 4º do projeto, evitando que o texto precisasse retornar para análise na Câmara dos Deputados. O senador Dr. Hiran, autor da emenda, ressaltou a importância de respeitar diferentes posições da população em relação à vacinação. Apesar do acordo, alguns senadores como Cleitinho, Eduardo Girão, Rogério Marinho e Damares Alves se manifestaram contra a aprovação do Programa Nacional de Vacinação nas Escolas.
