Segundo auxiliares do presidente Lula, a resistência dos governadores não é a única barreira para o avanço da PEC. Falta consenso dentro do próprio governo federal, dividindo opiniões entre a Casa Civil e o Ministério da Justiça.
O chefe da Casa Civil, Rui Costa, acredita que o governo federal deve adotar uma postura mais cautelosa em relação à PEC, pois teme que ao assumir a questão da segurança, a União fique sobrecarregada. Por outro lado, o ministro da Justiça, Ricardo Lewandowski, está empenhado em fazer avançar a proposta, apresentando-a por duas vezes, a última delas em 15 de janeiro.
De acordo com informações, a principal discordância entre os governos federal e estaduais diz respeito à distribuição das responsabilidades entre União, estados e municípios. A proposta mantém a responsabilidade dos estados, municípios e Distrito Federal em prover meios para a manutenção da segurança pública, mantendo a subordinação das polícias locais aos governadores.
No entanto, a PEC propõe a criação de órgãos autônomos de corregedorias e ouvidores nos três níveis federativos, com o intuito de fiscalizar e receber denúncias sobre as forças de segurança locais. Além disso, o projeto de Lewandowski sugere a mudança da Polícia Rodoviária Federal para Polícia Viária Federal, com atribuição de realizar o policiamento em rodovias, ferrovias e hidrovias federais.
Apesar das resistências e das divergências internas no governo, a PEC da Segurança Pública permanece como uma pauta em espera, aguardando consenso e ação efetiva para sua tramitação no Congresso Nacional.