O inquérito policial sobre sua morte foi arquivado como “crime insolúvel” e aqueles que pediam a apuração do caso teriam sido intimidados por agentes do Estado. O MPF decidiu investigar a suposta omissão estatal na investigação da morte de Pinheiro em 2021 e, posteriormente, em 2023, ajuizou uma ação civil pública. O órgão solicitou medidas de reparo, como um pedido formal de desculpas à família e à sociedade brasileira, a retificação da certidão de óbito de Pinheiro para reconhecer que ele foi vítima de assassinato no contexto de violações de direitos humanos durante a ditadura militar, além do pagamento de R$ 1 milhão em danos morais coletivos.
O MPF também pediu a criação de um espaço de memória em Rio Branco e a restauração do Memorial Wilson Pinheiro em Brasiléia. No entanto, os pedidos foram negados pelo juiz do caso, que reconheceu a importância histórica de Pinheiro, mas não identificou uma conexão direta entre sua morte e o regime militar. O magistrado argumentou que a ausência de apuração reflete a ineficiência estrutural dos órgãos de segurança pública da época.
No recurso, a Procuradoria argumenta que a omissão estatal durante regimes democráticos geralmente decorre de falhas estruturais ou técnicas, enquanto em regimes de exceção, como a ditadura militar, a omissão é parte de uma política estatal de repressão. A Procuradoria destaca a recomendação da Comissão Nacional da Verdade e jurisprudências que reconhecem a necessidade de reparação a vítimas de violações de direitos humanos durante regimes autoritários. O Tribunal Regional Federal da 1ª Região analisará o recurso do MPF e decidirá se reabre a discussão sobre a responsabilização do Estado no caso de Wilson Pinheiro.
