Nos últimos anos, a Transparência Internacional tem realizado avaliações sobre a transparência e governança pública no Brasil, incluindo governos estaduais, distrital e cerca de 200 prefeituras. Além disso, a organização atua em parceria com o G20, o Fundo Monetário Internacional (FMI) e a Organização para a Cooperação e Desenvolvimento Econômico (OCDE) no combate ao suborno.
Uma das questões que despertou o interesse do ministro Toffoli em relação à organização foi seu envolvimento no acordo de leniência da J&F em 2017, no qual a Transparência Internacional concordou em apoiar a execução de projetos sociais como parte do acordo. O ministro está investigando possíveis irregularidades, alegando “eventual apropriação indevida de recursos públicos”. A organização, no entanto, nega receber recursos financeiros por sua atuação nesse acordo e afirma que apenas apresentou recomendações, sem participar da gestão dos recursos.
Além disso, nos últimos meses, a Transparência Internacional tem criticado diversas decisões de Toffoli, incluindo a anulação das provas obtidas no acordo de leniência da Odebrecht e a suspensão dos pagamentos do acordo de leniência da J&F. A ONG argumenta que essas medidas têm um “efeito devastador” na luta contra a corrupção e tem levantado questões sobre possíveis conflitos de interesse do ministro.
Diante das recentes polêmicas e da investigação ordenada por Toffoli, a Transparência Internacional afirmou que as acusações sobre sua atuação no recebimento e gestão de recursos recuperados por acordos de leniência são “falsas” e criticou as “reações hostis” ao seu trabalho em diversas partes do mundo.
A atuação da organização, suas parcerias internacionais e sua participação em acordos de leniência continuam a gerar debates e polêmicas, alimentando discussões sobre o papel da Transparência Internacional no combate à corrupção e sua relação com o judiciário brasileiro.