A recomendação do TCU surgiu em resposta a uma representação feita pelo deputado Guilherme Boulos, do PSOL, que alegou que Eduardo Bolsonaro poderia estar cometendo crimes ao realizar articulações políticas que comprometem a soberania nacional. De acordo com Boulos, o Código Penal Brasileiro define como crime de atentado à soberania ações que envolvam negociações com governos estrangeiros que visem prejudicar o Brasil, penalizando tais atos com penas que vão de três a oito anos de prisão.
No julgamento da questão, o TCU, embora tenha encontrado indícios de irregularidades, decidiu que não é sua competência julgar a eventual culpabilidade de Eduardo Bolsonaro, argumentando que tal análise violaria o devido processo legal e a separação dos poderes. A corte, assim, decidiu encaminhar a denúncia diretamente à Câmara dos Deputados, solicitando que o resultado da investigação e as providências adotadas sejam reportados.
Nas justificativas apresentadas, o TCU analisou a presença do deputado nas sessões da Câmara, observando que ele faltou a cinco delas em março, tendo justificado apenas uma. Durante esse período, ele se encontrava nos Estados Unidos, mas não formalizou a licença parlamentar de 122 dias. Embora as quatro ausências não justificadas não tenham gerado um impacto financeiro suficiente para a abertura de investigações por parte do TCU — estimando-se que o prejuízo não tenha ultrapassado R$ 120 mil —, a recomendação para que a Câmara realize sua própria apuração se mantém.
Esta não é a primeira vez que Eduardo Bolsonaro enfrenta investigações. Em julho, o ministro do Supremo Tribunal Federal, Alexandre de Moraes, prorrogou um inquérito que examina suas atividades durante as viagens aos Estados Unidos, associadas a articulações contra autoridades brasileiras. No cenário político, essa nova recomendação do TCU acrescenta uma camada de complexidade à já tumultuada trajetória do parlamentar no Congresso Nacional.