Um dos núcleos identificados foi o de Desinformação e Ataques ao Sistema Eleitoral, responsável pela disseminação de notícias falsas sobre a lisura das eleições e por incentivar a presença de apoiadores em frente aos quartéis das Forças Armadas. Outro núcleo, chamado de Jurídico, trabalhava na elaboração de decretos e fundamentações jurídicas para justificar as ações golpistas. Além disso, havia também um núcleo dedicado a incitar os militares a aderirem ao golpe, promovendo ataques pessoais e militares em posição de comando.
O relatório da PF destacou a atuação de um Núcleo de Inteligência Paralela, responsável por coletar informações para auxiliar Bolsonaro na consumação do golpe de Estado. Esse grupo monitorava autoridades, incluindo o ministro do Supremo Tribunal Federal, Alexandre de Moraes, planejando sua captura após a execução do golpe. Além disso, um Núcleo Operacional de Apoio às Ações Golpistas era responsável por planejar medidas para manter as manifestações em frente aos quartéis do Exército.
O relatório da PF também citou um Núcleo de Oficiais de Alta Patente com Influência e Apoio a Outros Núcleos, formado por generais do Exército. Após a conclusão das investigações, o inquérito foi encaminhado à Procuradoria-Geral da República (PGR), que decidirá se os acusados serão denunciados ao Supremo Tribunal Federal (STF) pelos crimes imputados. A divulgação dessas informações levantou questões sobre a segurança da democracia brasileira e a preservação do Estado de Direito.