Essa decisão do ministério foi anunciada após a saída da Apib e atendendo a uma solicitação do ministro do STF, Gilmar Mendes, feita no dia 1º de outubro. Mesmo ressaltando que os nomes indicados não substituem a representação da Apib, o ministério escolheu cinco nomes e seus respectivos suplentes para compor a câmara de conciliação. Entre os escolhidos estão representantes de órgãos governamentais, o que levou a Apib a questionar se essas pessoas estarão verdadeiramente representando o movimento indígena nessa discussão.
A Apib reforçou em seu comunicado que as instâncias autônomas dos povos indígenas e os entes públicos nos quais há participação indígena não deveriam ser pressionados a integrar colegiados contra sua vontade. Além disso, a entidade lamentou a indicação do ministério e enfatizou o papel da Constituição Federal em reconhecer os povos indígenas como protagonistas de seu próprio destino.
O Conselho Indígena de Roraima (CIR) também se manifestou contrário à indicação do ministério, destacando que tal ação se alinha com interesses que ameaçam os territórios indígenas. Para Emerson Pataxó, vice-presidente da Associação de Jovens Indígenas Pataxó, a indicação dos representantes pelo ministério representa uma afronta à autonomia do movimento indígena.
A Agência Brasil solicitou um posicionamento do ministério a respeito do assunto e aguarda resposta para atualizar a matéria. A controvérsia gerada por essa decisão evidencia a importância do debate em torno dos direitos indígenas e da representatividade legítima nos processos de conciliação no âmbito do STF.