No entanto, Silveira foi condenado a oito anos e nove meses de prisão por tentar impedir o livre exercício dos poderes e coação no curso do processo ao proferir ofensas e ameaças aos ministros do STF. O ministro Alexandre de Moraes justificou sua decisão de negar o indulto, afirmando que o ex-deputado não tem direito a ele por ter sido condenado por crimes previstos na Lei de Segurança Nacional, que não estão contemplados no decreto de indulto assinado pelo presidente Lula da Silva no ano passado.
Além de negar o indulto, Alexandre de Moraes também decidiu revogar o livramento condicional de Silveira, determinando que ele cumpra o regime semiaberto de prisão. Em dezembro de 2024, Silveira perdeu o livramento condicional após descumprir as cautelares impostas, como o recolhimento noturno após as 22h.
O advogado de Silveira, Paulo Faria, informou que irá recorrer ao plenário da Corte para contestar a decisão de Moraes, alegando a ilegalidade do ato. Faria também pretende acionar a Comissão Interamericana de Direitos Humanos e congressistas dos Estados Unidos para justificar a posição de seu cliente.
No indulto assinado por Lula, foram beneficiadas pessoas pertencentes a grupos vulneráveis, como idosos, gestantes, pessoas com deficiência e doentes graves. Por outro lado, não foram contemplados condenados por crimes hediondos, atos golpistas, terrorismo, racismo, lavagem de dinheiro, entre outros.
Em suma, a decisão de negar o indulto a Daniel Silveira e mantê-lo no regime semiaberto reafirma a postura do STF em relação aos crimes cometidos e às leis que regem o perdão de penas no Brasil.