A defesa de Cunha alegou que as acusações dizem respeito ao período em que ele era deputado federal e, portanto, deveriam ser julgadas com base no entendimento do foro privilegiado, que ainda está em processo de julgamento no STF. Os advogados também solicitaram a anulação da decisão que transformou o ex-deputado em réu. No entanto, Gilmar Mendes decidiu que as acusações devem tramitar no STF, mantendo a decisão da primeira instância de receber a denúncia.
O ministro ressaltou a importância de esclarecer a questão do foro privilegiado, mesmo sem o julgamento definitivo, para garantir a segurança jurídica no processo penal e preservar a competência do tribunal. Em setembro deste ano, o plenário do STF formou maioria de 6 votos a 2 para firmar um novo entendimento sobre o foro privilegiado, mas o julgamento foi suspenso por um pedido de vista do ministro Nunes Marques.
De acordo com o novo entendimento, o foro privilegiado de um parlamentar federal permanece no STF se o crime foi cometido durante o exercício do mandato. Mesmo em casos de renúncia, não reeleição ou cassação, o processo continuará na Corte. Todos os atos processuais de ações em andamento devem ser mantidos conforme a regra de transição.
Com essa decisão de Gilmar Mendes, o processo contra Eduardo Cunha continuará na esfera do STF, aguardando a conclusão do julgamento sobre o foro privilegiado para maiores esclarecimentos sobre o caso.