A Polícia Federal foi responsável pela prisão de Braga Netto, alegando que o general estava tentando obstruir a investigação relacionada à tentativa de golpe de Estado no país, visando impedir a posse de Luiz Inácio Lula da Silva. De acordo com informações da PF, Braga Netto foi indiciado por ser um dos principais articuladores do plano golpista e teria tentado obter informações confidenciais da delação de Mauro Cid, ex-ajudante de ordens do ex-presidente Jair Bolsonaro, com o intuito de prejudicar as investigações em curso.
O relatório da Polícia Federal apontou diversos elementos de prova contra Braga Netto, sugerindo que ele tentou influenciar a investigação, controlar informações e alinhar versões entre os investigados. Há evidências de trocas de mensagens com o pai de Mauro Cid para obter detalhes da delação e o repasse de dinheiro em uma sacola de vinho para financiar o plano de golpe.
Braga Netto, general da reserva, foi candidato à vice-presidência em 2022 e ocupou cargos de destaque como ministro-chefe da Casa Civil e ministro da Defesa. A Polícia Federal descobriu que uma das reuniões para discutir o suposto plano golpista teria ocorrido na casa do militar em novembro de 2022.
No sábado, a PF prendeu Braga Netto no Rio de Janeiro e realizou buscas em sua residência em Copacabana, além de cumprir mandado na casa do coronel Flávio Peregrino, assessor direto do ex-ministro, em Brasília. Em um relatório enviado ao STF, a PF destacou a participação concreta de Braga Netto nos atos relacionados à tentativa de golpe e na obstrução da investigação, evidenciando a gravidade dos eventos que levaram à sua prisão.