Marcelo Xavier ocupou a presidência da Funai entre julho de 2019 e dezembro de 2022, durante o governo de Jair Bolsonaro. De acordo com relatos do Ministério Público Federal, ele foi responsável por abrir inquéritos policiais com base em acusações infundadas contra nove servidores, líderes da etnia Waimiri Atroari e entidades de proteção ambiental. Essas acusações incluíam crimes como tráfico de influência e prevaricação. Em 2021, o procurador da República Igor da Silva Spíndola decidiu pelo arquivamento do caso, evidenciando uma “ausência total de hipótese investigativa” e apontando o emprego da Polícia Federal como uma ferramenta de pressão política.
Após o arquivamento das investigações, Xavier tentou processar criminalmente o próprio procurador, acusando-o de prevaricação e abuso de autoridade. No entanto, essa nova abordagem foi rejeitada pelo Tribunal Regional Federal da 1ª Região (TRF-1), que alegou a “ausência absoluta de justa causa”. O juiz federal Thadeu José Piragibe Afonso, ao emitir a sentença, enfatizou que Xavier aproveitou sua posição na Funai e seu prestígio como delegado para empreender uma campanha de perseguição contra servidores, com o intuito de pressionar pela liberação do Linhão de Tucuruí, uma linha de transmissão que atravessa a Terra Indígena Waimiri Atroari.
O magistrado descreveu as ações de Xavier como um uso abusivo do poder público, motivado por interesses ideológicos, e concluiu que ele utilizou sua influência e posição para intimidar funcionários que sabia serem inocentes. Além dos processos já mencionados, Marcelo Xavier enfrenta outros casos, incluindo um indiciamento relacionado ao homicídio do indigenista Bruno Pereira e do jornalista Dom Phillips, mortos em 2022 no Vale do Javari.
