Esses salários superam o que é recebido por parte dos professores da rede pública estadual de São Paulo. Durante a última seleção de professores temporários, foram anunciadas remunerações de R$ 5,3 mil para 40 horas semanais e R$ 3,3 mil para 25 horas. Esse diferencial salarial entre os professores e os profissionais que atuarão nas escolas cívico-militares tem gerado críticas por parte de entidades como o Sindicato dos Professores do Ensino Oficial do Estado de São Paulo (Apeoesp) e a União Paulista dos Estudantes Secundaristas (Upes).
Tanto o sindicato quanto a entidade estudantil se manifestaram contra o projeto, alegando que a valorização dos professores e a qualidade da educação em geral são prioridades que devem ser consideradas acima de um modelo de gestão militarizado nas escolas. Segundo a Upes, a proposta visa mais impor um disciplinamento baseado nos princípios militares do que de fato melhorar a gestão educacional.
De acordo com o texto do projeto, as escolas cívico-militares terão uma gestão compartilhada entre as corporações militares e as secretarias estaduais ou municipais de Educação, com um foco na elevação da qualidade de ensino medida pelo Índice de Desenvolvimento da Educação Básica (Ideb). A inserção de atividades cívicas e de cidadania no currículo e a participação da Secretaria de Segurança Pública em atividades extracurriculares também são previstas.
No entanto, críticas ao projeto ressaltam que a presença de policiais militares nas escolas, principalmente em regiões vulneráveis, pode ter efeitos negativos, como a exclusão de estudantes problemáticos e a aplicação de uma disciplina autoritária que não condiz com os princípios educacionais. A polêmica em torno do projeto segue em discussão e até mesmo pesquisadores e acadêmicos têm apontado os possíveis impactos negativos que essa abordagem pode ter no ambiente escolar.