A prisão ocorreu em Copacabana, no Rio de Janeiro, onde o general foi encontrado em sua residência. De lá, ele foi encaminhado ao Comando Militar do Leste, localizado na Vila Militar, onde permanece detido. Além de Braga Netto, outras 39 pessoas estão sob investigação da Polícia Federal, incluindo figuras de destaque como o ex-ministro Augusto Heleno e o próprio Jair Bolsonaro, todos indiciados a partir da investigação que apura tentativas de desestabilização do governo.
A decisão de manter a prisão do general se baseia nas suspeitas de que ele teria tentado interferir nas investigações em andamento, uma infração penal que pode acarretar penas que vão de três a oito anos de reclusão. Durante as investigações, a Polícia Federal realizou buscas na sede do Partido Liberal (PL), partido pelo qual Braga Netto se candidatou à vice-presidência na chapa de Bolsonaro. Essas buscas revelaram documentos que incluem uma lista de perguntas e respostas relacionadas à delação de Mauro Cid.
Além disso, há indícios de que Braga Netto fez contato com o pai de Mauro Cid, em uma tentativa de obter informações sobre o conteúdo de depoimentos prestados à Polícia Federal. Este contexto denote um cenário de grave implicação e intersecção entre o poder militar e as tentativas de subversão da ordem constitucional estabelecida. A situação do general Braga Netto ressaltou não apenas a tumultuada relação entre os altos comandos militares e a política brasileira, mas também acendeu debates sobre a eficácia e a integridade das instituições democráticas no país.