A tese jurídica conhecida como marco temporal foi originada a partir de um projeto de lei apresentado pelo ex-deputado Homero Pereira e aprovado pelo Senado sob a relatoria do senador Marcos Rogério. No entanto, o presidente Lula vetou essa disposição, argumentando que ela contraria o interesse público e incorre em vício de inconstitucionalidade.
O veto ao marco temporal também é justificado pelo fato de que essa tese já foi rejeitada pelo Supremo Tribunal Federal (STF) e possui repercussão geral. O presidente ressalta ainda a dificuldade de comprovar a ocupação indígena na data de 5 de outubro de 1988, considerando a dinâmica de ocupação do território brasileiro.
Além do marco temporal, o presidente Lula também vetou outros dispositivos da lei, como a exploração econômica das terras indígenas por não indígenas, a limitação de uso e gozo das áreas pelos não indígenas e a ampliação das possibilidades de indenização às ocupações de boa-fé. Ele argumenta que essas medidas podem gerar incentivo à ocupação e benfeitorias após a demarcação das terras.
Outros trechos vetados por Lula incluem a possibilidade de ampliação de terras indígenas já demarcadas, a adequação de processos administrativos de demarcação não concluídos nas regras da nova lei e a retomada de áreas reservadas aos indígenas em casos de alteração dos traços culturais da comunidade.
O presidente também vetou disposições que permitiam a instalação de bases militares e outras intervenções militares sem consulta às comunidades indígenas envolvidas, bem como obras para expansão da malha viária e a instalação de equipamentos públicos. Ele justifica que essas medidas vão contra o interesse público e não preveem consulta prévia aos povos indígenas afetados.
A decisão final sobre a lei ainda pode ser revertida pelo Congresso Nacional, com a rejeição dos vetos presidenciais. Será necessária a maioria absoluta dos votos de deputados e senadores para isso. Quando a matéria foi analisada pelo Senado, obteve 43 votos a favor e 21 contrários. Já na Câmara, foram 283 votos a favor e 155 contrários.
