Apoiado por Alexandre de Moraes para liderar a PGR, Gonet tem demonstrado independência em suas decisões. Mesmo havendo pontos de alinhamento com o magistrado, o procurador-geral já emitiu pareceres que divergiram de decisões de Moraes, relator dos processos envolvendo Bolsonaro no STF.
Uma das divergências entre Gonet e Moraes ocorreu em relação à não necessidade de medidas cautelares contra Valdemar Costa Neto, presidente nacional do PL, durante uma operação em fevereiro. Em novembro de 2024, Moraes ignorou um parecer da PGR sobre a saúde mental de um preso nas manifestações e decidiu manter a prisão do réu. Em julho, o magistrado determinou a prisão de cinco suspeitos de espionagem, mesmo com um parecer contrário da PGR.
Além disso, Gonet recorreu de decisões que anularam condenações de José Dirceu e Marcelo Odebrecht no âmbito da Lava Jato. Em março, emitiu um parecer contrário ao pedido de Bolsonaro para afastar Moraes do inquérito sobre a suposta tentativa de golpe, alegando falta de evidências de parcialidade por parte do magistrado.
Em agosto, Gonet arquivou uma notícia-crime apresentada pelo partido Novo contra Moraes por suposta falsidade ideológica e formação de quadrilha. Em um caso de grande repercussão, a PGR apoiou Moraes na decisão que resultou no bloqueio do X, antigo Twitter. Gonet afirmou que os pressupostos para aplicar as medidas anunciadas estavam preenchidos, não havendo impedimento para sua aplicação.
Diante de tantas decisões e divergências, a atuação de Paulo Gonet como procurador-geral da República tem sido acompanhada com atenção pela sociedade, cujo destino de figuras políticas importantes como Bolsonaro está, em parte, em suas mãos.
