Atualmente, a pasta é gerida por Milton Leite (União), presidente da Câmara Municipal e aliado político de Nunes. No entanto, Leite foi envolvido nas investigações do MPSP e teve seu sigilo bancário quebrado a pedido dos promotores. Ele possui como uma de suas bases eleitorais na zona sul a viação Transwolff, uma das empresas sob intervenção da Prefeitura devido a um suposto esquema de lavagem de dinheiro do PCC.
Coronel Mello Araújo, indicado por Jair Bolsonaro (PL) e conhecido por seu trabalho na Companhia de Entrepostos e Armazéns Gerais de São Paulo (Ceagesp), demonstrou interesse em assumir um cargo com mais atribuições. Durante a campanha, Nunes destacou os feitos do Coronel enquanto comandava a Ceagesp e elogiou sua atuação no combate à corrupção.
A possível nomeação de Coronel Mello Araújo para a Secretaria de Transportes ainda precisa ser negociada com os dirigentes dos partidos da coligação de Nunes. O PL manifestou interesse em assumir outra pasta importante, a da Educação. No entanto, membros do diretório paulistano do partido acreditam que a nomeação do Coronel seria uma escolha pessoal do prefeito e não necessariamente uma indicação do partido de Bolsonaro.
Durante a campanha eleitoral, as suspeitas de infiltração do PCC nas empresas de ônibus subsidiadas pela Prefeitura foram exploradas pelos principais adversários de Nunes. O prefeito sempre destacou que a Prefeitura colabora com as investigações e que as intervenções nas empresas foram feitas para garantir a transparência e a lisura nos serviços de transporte público da cidade.
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