Sua situação se agravou após sua prisão, em 3 de dezembro, durante a Operação Unha e Carne, conduzida pela Polícia Federal. A operação investiga um suposto vazamento de informações sigilosas relacionadas ao ex-deputado estadual Thiego Raimundo dos Santos Silva, conhecido como TH Joias. Este último é acusado de intermediar a compra e venda de armas para o Comando Vermelho, uma das facções criminosas mais influentes do estado. As evidências que levaram à prisão de Bacellar foram baseadas em mensagens interceptadas por investigadores, que também fundamentaram a decisão do Supremo Tribunal Federal para seu afastamento da presidência da Alerj.
Rodrigo Bacellar assumiu a presidência da Alerj em 2023 e, em algumas ocasiões, atuou interinamente como governador, substituindo Cláudio Castro. Após a prisão determinada pelo ministro do STF, Alexandre de Moraes, o plenário da Alerj votou pela soltura de Bacellar, resultado de uma votação em que 42 deputados se manifestaram a favor, enquanto 21 se opuseram. Essa medida é respaldada pela Constituição, que exige a ratificação da prisão de deputados pelas respectivas casas legislativas. Após a votação, Bacellar recebeu um mandado de soltura e foi autorizado a utilizar uma tornozeleira eletrônica.
Cinco dias após sua soltura, Bacellar solicitou uma licença de dez dias, válida até o início do recesso legislativo, argumentando questões pessoais. Em seu retorno, apresentou um novo pedido de afastamento que se estende até 11 de fevereiro, enquanto a presidência da Alerj é temporariamente ocupada pelo deputado Guilherme Delaroli.
É importante lembrar que a Operação Zargun, realizada em setembro, já havia levado à prisão de TH Joias, que perdeu seu cargo na Alerj. Durante as investigações, foi revelado que Bacellar orientou TH Joias a esconder objetos que poderiam servir como provas, mostrando a gravidade das acusações que pesam sobre ele. As condições de sua soltura incluem o uso de tornozeleira, obrigações de recolhimento domiciliar e restrições à comunicação. O caso de Bacellar está sendo analisado no STF em conexão com a Arguição de Descumprimento de Preceito Fundamental, que investiga a atuação de grupos criminosos no estado.
