Braga Netto foi candidato a vice-presidente na chapa de Bolsonaro, que foi derrotada nas eleições de 2022. Recentemente, o general foi um dos 37 indiciados pela Polícia Federal no inquérito que investiga associação criminosa, tentativa de abolição violenta do Estado democrático de direito e golpe de Estado. De acordo com as investigações, uma das reuniões sobre um suposto plano golpista para impedir a posse e atentar contra a vida de autoridades teria ocorrido na casa de Braga Netto em novembro de 2022.
Em suas redes sociais, Braga Netto negou que se tratasse de um golpe ou de um plano para assassinar alguém, chamando a tese de “golpe dentro do golpe” de fantasiosa e absurda. A defesa do general também criticou a falta de acesso ao relatório da Polícia Federal entregue ao ministro Alexandre de Moraes, além do vazamento de informações do documento pela imprensa.
A defesa de Braga Netto destacou a correção ética e moral do general ao longo de sua carreira e enfatizou sua lealdade a Jair Bolsonaro, ressaltando que a verdade dos fatos será esclarecida com a observância dos ritos do devido processo legal. A defesa também questionou a motivação por trás das suposições e ilações que estão sendo feitas fora do contexto do inquérito, que ainda não foi oficialmente disponibilizado para as defesas dos envolvidos.