As alegações de fraude giram em torno da inserção de dados falsos no sistema do Ministério da Saúde, o que, segundo as investigações, foi realizado com o intuito de facilitar a permanência de Bolsonaro nos Estados Unidos, onde ele enfrentou restrições sanitárias voltadas a estrangeiros não vacinados contra a COVID-19. A suposta inclusão de informações fraudulentas ocorreu em dezembro de 2022, momento em que o ex-presidente ainda se encontrava fora do Brasil.
Durante o processo de investigação, a delação de Mauro Cid se destacou como a principal peça de acusação. Cid teria declarado, em depoimento, que intermediou a criação dos cartões de vacina falsos por meio de aliados e que a modificação nos registros do sistema de saúde foi realizada por funcionários da Prefeitura de Duque de Caxias, no Rio de Janeiro. Ele ainda afirmou que entregou esses documentos fraudulentos diretamente a Bolsonaro.
O pedido de arquivamento da PGR foi encaminhado ao Supremo Tribunal Federal (STF), que já havia decidido anteriormente pela continuidade da ação. Vale destacar que esse desdobramento acontece em um momento delicado para Bolsonaro, que foi tornado réu no STF por sua suposta participação em uma tentativa de golpe de Estado após as eleições de 2022. A situação evidencia a complexidade das investigações que envolvem o ex-presidente e a relevância da questão da imunização durante a pandemia, especialmente no contexto político que o Brasil atravessa.