Durante o julgamento, a defesa dos militares apresentou uma tese controversa: eles sustentaram que Jonas Seixas seria um informante da Polícia Militar e que sua prisão foi uma encenação para despistar os traficantes locais, que poderiam desconfiar da vítima. Segundo essa narrativa, apresentada inicialmente durante o inquérito policial, Jonas teria sido libertado posteriormente, o que contraria a versão do Ministério Público e familiares que testemunharam sua detenção.
O caso trouxe à tona questões complexas sobre a relação entre agentes da lei e informantes, além dos procedimentos adotados em operações policiais nas áreas periféricas. O Ministério Público de Alagoas, por sua vez, apresentou uma acusação robusta, tratando o caso como homicídio qualificado, incluindo as acusações de sequestro, tortura e ocultação de cadáver. A promotoria alegou que todos os elementos configuravam um crime hediondo, ainda mais agravado pela ausência do corpo, que até hoje não foi localizado.
Apesar das graves acusações e da dor pungente da família, o Conselho de Sentença acabou absolvendo todos os réus por não ter reconhecido a materialidade dos crimes. Este veredito, inevitavelmente, ficou marcado por críticas e debates acalorados entre aqueles que acreditam na inocência dos policiais e aqueles que clamam por justiça por Jonas Seixas.
Atualmente, não há informações claras se o Ministério Público irá apelar contra a decisão do tribunal. A situação permanece carregada de incertezas e promete continuar reverberando nos círculos judiciais e sociais. O desfecho deste trágico episódio não apenas impacta a vida dos envolvidos diretamente, mas também coloca em debate questões de justiça e impunidade em casos ligados a ações de segurança pública no Brasil.