A operação se dará de forma gradual, com a introdução de dez novas linhas que realizarão paradas no terminal. Os ônibus terão intervalos de 20 minutos. Quatro linhas partirão de Nova Iguaçu (113B, 114B, 118B e 479I) e três de São João de Meriti (474B, 512B e 514B), sendo que parte dos coletivos seguirá até o Centro do Rio. Além disso, a partir de 16 de maio, outras seis linhas de Nova Iguaçu (490B, 491B, 494B, 497B, 499B e 442B) também passarão a operar parando no Terminal Pedro Fernandes.
Essa nova configuração é fruto de uma colaboração entre as secretarias de Transporte do Estado e do Município, além do Departamento de Transportes Rodoviários (Detro). Recentemente, surgiram tensões entre o presidente do Detro e o secretário municipal de Transportes do Rio, Jorge Arraes, devido ao funcionamento não autorizado de uma linha até Mesquita. Após intensas discussões, foi alcançado um entendimento que possibilitou a autorização das novas linhas.
Os ônibus intermunicipais da Baixada apresentarão intervalos de 20 minutos, enquanto o BRT entre o Terminal Pedro Fernandes e o Terminal Intermodal Gentileza terá um intervalo breve de três minutos. Para essa conexão, duas linhas estarão disponíveis: a linha 70, de parada, com um trajeto de cerca de 32 minutos, e a linha 73, expressa, que realiza o percurso em aproximadamente 20 minutos.
Para otimizar as viagens, os passageiros poderão utilizar o Bilhete Único Margaridas (BUM). Aqueles que partem da Baixada Fluminense em direção ao Terminal Pedro Fernandes pagarão R$ 5,00 pela integração no sistema municipal, o que permite até quatro viagens — duas de ida e duas de volta — entre BRT, VLT e ônibus municipais em um período de 20 horas. As linhas intermunicipais que fazem parada no Terminal Margaridas terão uma tarifa de R$ 6,70, a ser paga com o cartão RioCard.
Ao desembarcar no terminal, o passageiro que optar pelo BUM deverá utilizar o cartão JAÉ nas catracas do BRT Metropolitano, onde será debitado o valor fixo de R$ 5,00. Essa validação inicia o período de 20 horas para integração, permitindo ao usuário utilizar o BRT até o Terminal Gentileza e, em seguida, embarcar sem nova cobrança no VLT ou em linhas municipais participantes. No retorno, dentro desse intervalo, o processo se repetirá, com pagamento apenas da tarifa de R$ 6,70 da linha intermunicipal.
