A Confederação Nacional de Municípios (CNM) expressou receios quanto à fragmentação dos sistemas de operação. A variedade de ferramentas, algumas das quais são processadas exclusivamente pelo Transferegov, pode gerar inconsistências operacionais, especialmente para os gestores municipais que frequentemente lidam com equipes reduzidas e limitadas capacidade técnica. A nova portaria determina que as emendas sejam geridas pelo Sistema Ambiente Parlamentar, onde os representantes das bancadas e comissões devem registrar suas indicações. Para acompanhar a execução das propostas, o Ministério disponibilizará o sistema InvestSUS.
Além disso, a portaria se alinha às diretrizes do Supremo Tribunal Federal (STF), que preveem a obrigatoriedade de um plano de trabalho para todas as transferências. O Fundo Nacional de Saúde deverá abrir contas específicas para gerenciar esses recursos, assegurando que os investimentos sejam realizadas de forma transparente e adequada. A CNM também sublinha a importância das emendas voltadas ao custeio da saúde, destacando-as como cruciais para a estabilidade financeira das políticas de saúde locais. A implementação eficiente dessas medidas será vital para garantir o fluxo adequado de recursos em um sistema de saúde que enfrenta continuamente desafios operacionais.