O próximo passo será a fase de instrução do processo, na qual serão colhidos depoimentos, analisados documentos e realizadas perícias apresentadas pelas partes. Neste momento, os advogados poderão indicar testemunhas e pedir a produção de novas provas para embasar as teses de defesa. As testemunhas serão ouvidas por um juiz auxiliar, integrante do gabinete do ministro Alexandre de Moraes, relator do processo.
Após a instrução, o processo seguirá para julgamento. Os ministros da Primeira Turma do STF serão responsáveis por decidir se os réus serão condenados à prisão ou absolvidos. Não há uma data definida para o julgamento, que depende do andamento processual e será marcada pelo presidente da Primeira Turma, Cristiano Zanin, que também é composto pelos ministros Flávio Dino, Cármen Lúcia e Luiz Fux.
De acordo com entendimento do próprio Supremo, os réus só podem ser presos após a decisão final do julgamento, ou seja, após o trânsito em julgado da ação penal. Até lá, eles responderão ao processo em liberdade, sendo a prisão condicionada ao tamanho da possível condenação. No entanto, é possível que o magistrado responsável pelo caso determine a prisão preventiva de algum réu a qualquer momento, desde que devidamente justificada conforme critérios legais.
O general Walter Braga Netto é o único dos oito réus que se encontra preso em uma instalação militar, após ter sido acusado pela Polícia Federal de obstruir as investigações. O desenrolar desse caso continua sob análise e acompanhamento da Justiça, incluindo o andamento do processo criminal e as possíveis medidas a serem tomadas.
