Costa foi convocado a depor na CPI devido a sua relação com Antônio Carlos Antunes, conhecido como “Careca do INSS”, que foi identificado pela Polícia Federal como um dos principais operadores do esquema de fraudes, e que já se encontra preso. O economista chegou ao Congresso Nacional portando um habeas corpus concedido pelo ministro Luiz Fux, do Supremo Tribunal Federal, o que lhe conferiu proteção legal durante o depoimento. Esse habeas corpus assegurava que ele não precisasse responder a perguntas e o protegia de uma possível prisão caso optasse por permanecer em silêncio.
Durante mais de sete horas de interrogatório, Costa fez algumas afirmações, incluindo a de que nunca foi sócio de Antunes, mas sim diretor financeiro de empresas associadas a ele. Ele saiu do cargo antes que soubesse das investigações em andamento sobre os descontos ilegais. No entanto, reconheceu ter entregue cerca de R$ 950 mil em dinheiro a Antunes, embora negasse qualquer participação no pagamento de subornos ou que tivesse consciência de que parlamentares estivessem envolvidos nas irregularidades.
O relator da CPMI, deputado Alfredo Gaspar, expressou preocupação com a possibilidade de que Costa pudesse fugir ou cometer novos crimes após deixar o Congresso, e solicitou sua prisão preventiva, o que gerou uma intensa discussão durante a sessão. O presidente da CPMI, senador Carlos Viana, sinalizou que levaria o pedido à votação, mas a situação mudou rapidamente com a determinação de prisão em flagrante por considerar que Costa havia se negado a fornecer informações relevantes.
A defesa de Costa contestou a legalidade da detenção, alegando que o economista não havia cometido crime algum e que sua detenção violava o habeas corpus em vigor. Bernardo Coelho, um de seus advogados, enfatizou o compromisso de Costa em colaborar com as autoridades, destacando que ele se colocou à disposição desde o início das investigações. A Secretaria de Polícia do Senado, por sua vez, anunciou a abertura de um inquérito para investigar os acontecimentos decorrentes da oitiva.