Appio mencionou uma transferência bancária de R$ 5 bilhões de dinheiro público que estava sob sigilo desde 2016, imposto por Moro. A finalidade desse valor era a constituição de uma instituição privada gerida pelos próprios envolvidos, sem controle do Tribunal de Contas da União. Essas revelações geraram polêmica e questionamentos sobre a conduta da Lava Jato.
O juiz enfrentou um embate com o desembargador federal Marcelo Malucelli, envolvendo o advogado Rodrigo Tacla Duran, que acusou Moro de extorsão. Appio suspendeu uma ordem de prisão de Duran decretada por Moro em 2016 para garantir o seu depoimento, gerando controvérsias. O afastamento de Appio da Lava Jato ocorreu depois que ele telefonou anonimamente para o filho do desembargador Malucelli, levantando suspeitas de conflito de interesse.
Appio admitiu sua inadequação nesse episódio e lamentou que sua saída tenha prejudicado a continuidade das investigações sobre possíveis irregularidades na Lava Jato. Ele ressaltou a importância de seu papel como juiz no combate à corrupção e expressou arrependimento pela forma como lidou com a situação. A entrevista completa de Eduardo Appio será transmitida no programa da TV Brasil com Leandro Demori, trazendo à tona mais detalhes desse controverso caso.