Marcelo Silva, que ocupou o cargo durante a administração do ex-presidente Jair Bolsonaro, enfrentou acusações sérias do Ministério Público Federal (MPF). As acusações giram em torno de práticas consideradas de perseguição a servidores da Funai, membros da Associação Waimiri Atroari e outras entidades que se dedicam à defesa dos direitos indígenas. O caso se torna ainda mais sério quando analisado no contexto do licenciamento ambiental para o Linhão do Tucuruí, uma linha de transmissão de energia que conecta Manaus a Boa Vista.
A decisão judicial, tomada pelo juiz Thadeu José Piragibe Afonso, na 2ª Vara Federal Criminal do Amazonas, revelou que o ex-dirigente buscou intimidar e pressionar servidores para acelerar a aprovação do licenciamento ambiental, ignorando a legislação e a história das populações indígenas afetadas. O magistrado destacou que Xavier solicitou à Polícia Federal a abertura de investigações contra seus subordinados, indicando que seu propósito era retaliá-los para que o processo de licenciamento avançasse sem levar em conta formalidades administrativas.
O juiz concluiu que as ações de Xavier eram despidas de fundamentos, afirmando que as vítimas não apresentavam qualquer conduta criminosa. De acordo com a análise judicial, as alegações contra os servidores foram infundadas e tiveram uma motivação política clara.
Em resposta à condenação, o advogado de Marcelo Augusto, Marcos Soares Júnior, expressou perplexidade e indignação, defendendo que as ações do ex-presidente da Funai estavam dentro dos limites da legalidade. A defesa afirmou que irá recorrer da sentença, sustentando que não há evidências que sustentem as alegações de perseguição ou instrumentalização da Polícia Federal e do Ministério Público para fins políticos. A polêmica em torno dessa condenação ressalta o delicado equilíbrio entre desenvolvimento e preservação dos direitos dos povos indígenas no Brasil.