Em novembro de 2021, a PGR iniciou um total de dez investigações com base nas recomendações de indiciamento presentes no relatório final da CPI, mirando o então presidente Jair Bolsonaro e seus aliados. Destas, cinco foram arquivadas. Das que restaram, a PGR defendeu o arquivamento de quatro.
Três ações encontram-se em impasse, com a PGR solicitando o arquivamento, mas a então relatora, ministra Rosa Weber, rejeitou o pedido e autorizou novas diligências solicitadas por membros da CPI. Em resposta, a PGR recorreu, mas ainda não houve apreciação do recurso. A Polícia Federal (PF) também solicitou a prorrogação do prazo de investigação há um ano, mas não recebeu resposta. O relator atual é o ministro Luiz Fux.
As acusações envolvem charlatanismo, prevaricação e emprego irregular de verbas públicas contra Bolsonaro e os ex-ministros da Saúde Eduardo Pazuello e Marcelo Queiroga. Todos negam as acusações.
Em um outro processo, onde Bolsonaro e outros 25 aliados são investigados por incitação ao crime, a PGR também pediu o arquivamento. No entanto, o relator, ministro Luís Roberto Barroso, afirmou que analisaria a solicitação após a conclusão das diligências da PF.
Dez petições iniciais foram abertas, sendo que apenas uma delas tramitou em sigilo, onde Bolsonaro é investigado por suposta falsificação de documento particular. Esse caso deixou recentemente o STF e foi enviado para outra instância.
A atuação do ex-procurador-geral da República Augusto Aras é criticada por senadores que fizeram parte da CPI. Humberto Costa (PT-PE) afirma que houve intenção de proteger Bolsonaro e diz esperar que as investigações sejam retomadas pelo próximo chefe da PGR, que ainda não foi escolhido pelo presidente Lula.
Alessandro Vieira (MDB-SE) classifica a atuação da PGR como “lastimável” e diz ter expectativa de mudança.
Aras publicou um livro com as ações da PGR durante a pandemia, onde afirma que não havia “justa causa” para prosseguir com as investigações dos casos da CPI nos quais pediu arquivamento. Procurada para comentar, a PGR disse que a resposta já foi dada no livro.
Em suma, as investigações decorrentes da CPI da Covid enfrentam desafios e críticas, tendo a atuação da PGR sob escrutínio devido aos arquivamentos sugeridos e impasses com o STF. A expectativa é de que as questões em aberto sejam esclarecidas e que a justiça possa seguir seu curso de maneira transparente e eficiente.