A PGR já havia solicitado a abertura de um inquérito autônomo, que atualmente tramita em sigilo no Supremo Tribunal Federal (STF) sob a condução do ministro Alexandre de Moraes. A representação feita ao STF, pelo procurador-geral Paulo Gonet, revela que a PF encontrou indícios de que o ex-ministro estava, de fato, agindo para obstruir investigações que envolvem uma organização criminosa. A acusação de obstrução de justiça é uma das mais graves, especialmente em um contexto onde a aplicação da lei penal está em jogo, e isso se torna ainda mais pertinente considerando a proximidade do encerramento da instrução processual no caso de Cid.
Gilson Machado, ao chegar ao Instituto de Medicina Legal (IML) em Recife para realizar um exame de corpo de delito, negou as acusações. Ele declarou à imprensa que é inocente e afirmou que sua única intenção ao contatar o Consulado de Portugal foi para solicitar um passaporte para seu pai. Essa defesa é contradita por informações que indicam que, em 12 de maio, ele teria efetivamente procurado o consulado com o intuito de obter o passaporte para Cid.
Por sua vez, a defesa de Mauro Cid ressalta que ele tem cumprido todas as medidas cautelares impostas pelo STF e nega que o tenente-coronel tenha solicitado um passaporte português ou que tenha quaisquer planos de deixar o país. Este novo desdobramento na investigação se dá em um cenário mais amplo de investigações envolvendo a trama golpista, onde Cid é um dos réus e já fechou um acordo de delação premiada. Esse contexto revela a complexidade e a gravidade das acusações que envolvem atores de alta relevância política no país.