Berni é réu em processos judiciais por crimes como lavagem de dinheiro, fraude em licitação e corrupção passiva. Ele esteve à frente da administração de 28 unidades prisionais do estado de São Paulo entre 2006 e 2015, sendo responsável por conduzir licitações milionárias para a Secretaria de Administração Penitenciária (SAP-SP).
As investigações apontam que em 2013, Berni se associou à sua irmã na empresa Midas Empreendimentos, que atuava no mercado imobiliário de Sorocaba. Em 2015, o policial penal acumulava um patrimônio de R$ 15 milhões, levantando suspeitas sobre a legalidade de sua fortuna. A empresa viu seu capital social aumentar de R$ 2 mil para R$ 273 mil após a entrada de Berni nos negócios.
Berni também foi acusado de envolvimento em superfaturamento de licitação em benefício da empresa Geraldo J Coan, que estava vinculada a denúncias de corrupção no esquema da “máfia da merenda” em São Paulo. O Ministério Público paulista alegou que através da empresa da qual era sócio com sua irmã, Berni teria recebido vantagens financeiras de empresas vencedoras de licitações de alimentação prisional.
Após um recurso apresentado à 12ª Câmara de Direito Criminal do Tribunal de Justiça de São Paulo (TJSP), a decisão de absolvição inicialmente concedida a Berni foi revertida em dezembro de 2024. Assim, o ex-coordenador de Unidades Prisionais e sua irmã responderão pelos crimes de fraude em licitação, lavagem de dinheiro, corrupção ativa e passiva. A ação penal voltará a tramitar na 1ª Vara de Crimes Tributários, Organização Criminosa e Lavagem de Bens e Valores da Capital.
Na esfera administrativa, Hugo Berni foi punido com a cassação de sua aposentadoria devido ao descumprimento dos regulamentos previstos para a função que exercia e pelos prejuízos causados à Fazenda Estadual, comprovadamente resultado de dolo ou culpa.
