Segundo as ONGs, os alunos bolsistas estariam sendo segregados dos alunos pagantes, estudando em unidades separadas localizadas em bairros diferentes na zona sul de São Paulo. Enquanto a unidade Morumbi, frequentada pelos alunos pagantes, possui uma estrutura com área de esportes, pista de atletismo, academia e 20 mil m² de bosque, a unidade Vila Andrade, destinada aos alunos bolsistas, conta apenas com uma quadra de esportes.
O padre franciscano David dos Santos, diretor geral da Educafro, afirmou que os alunos pobres, que dependem de bolsas, estariam sendo tratados como alunos de segunda classe, enquanto os alunos ricos seriam considerados de primeira classe. Por outro lado, Gilson Rodrigues, líder comunitário de Paraisópolis, discordou das acusações de segregação, afirmando que a comunidade local é beneficiada pela Escola da Comunidade localizada na Vila Andrade.
A direção do colégio negou veementemente as acusações de segregação, alegando que a criação do câmpus Vila Andrade visava ampliar o número de bolsas de estudo por falta de espaço físico na unidade Morumbi. Além disso, o colégio afirmou que a restrição de circulação de alunos entre as unidades era uma medida de segurança.
A disputa entre as entidades e o Colégio Porto Seguro reflete uma tensão crescente sobre questões de equidade racial e social no sistema educacional brasileiro. Enquanto as entidades alegam discriminação e segregação, a escola defende suas práticas e busca garantir o acesso a uma educação de qualidade para todos os seus alunos.
