A suspensão do Sicobe pela Receita Federal foi contestada pelo TCU, que considerou o ato administrativo como contrário aos princípios da legalidade e hierarquia das normas. Na decisão que ordenou a retomada do sistema, o TCU argumentou que a Receita não tinha o poder de descontinuar o Sicobe por meio de um ato administrativo.
Ao analisar um recurso da Advocacia-Geral da União (AGU), o ministro Zanin considerou os possíveis prejuízos que poderiam ocorrer com a retomada do sistema, incluindo o retorno de concessões de créditos presumidos de PIS/Cofins estimadas em R$ 1,8 bilhão por ano. Ele ressaltou que a utilização do sistema poderia comprometer o sistema fiscalizatório da Receita e resultar em uma diminuição da arrecadação.
O Sicobe, desenvolvido pela Casa da Moeda, teve início em 2009 com o objetivo de permitir à Receita Federal controlar todo o processo produtivo de bebidas no país. Equipamentos instalados nos estabelecimentos envasadores de cervejas, refrigerantes e águas forneciam informações precisas sobre a produção, embalagem e marcas comerciais dos produtos.
A desativação do Sicobe em 2016 foi justificada pela Receita Federal como parte de um projeto para substituir o sistema por uma solução mais econômica. A decisão de Zanin suspende essa retomada e traz à tona um debate sobre a eficiência e necessidade do Sicobe para garantir a fiscalização e arrecadação tributária no setor de bebidas no Brasil.
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