A escolha de Caipira para a nova posição surge apenas um mês após seu afastamento do comando do Departamento Estadual de Investigações Criminais (Deic). Esse afastamento ocorreu em um contexto delicado, ligado a investigações resultantes da delação premiada de Vinícius Gritzbach, que foi executado em novembro de 2024 no Aeroporto Internacional de Guarulhos. O ato de afastamento foi uma decisão do governador Tarcísio de Freitas e coincidiu com a deflagração de uma operação da Polícia Federal que culminou na prisão de sete indivíduos, incluindo agentes da corporação.
Nas interações com a imprensa após o seu afastamento, Fábio Caipira argumentou que foi induzido ao erro pelo advogado Ramsés Benjamin Samuel Costa Gonçalves, figura apontada na delação como responsável por intermediárias em supostas atividades ilícitas. O delegado insistiu que nunca recebeu qualquer vantagem de forma ilícita e que as alegações contra ele não tinham sustentação nas provas apresentadas. Segundo Caipira, o ex-secretário de Segurança Pública, Guilherme Derrite, teria relatado que não existiam elementos que o ligassem às práticas denunciadas.
Em janeiro de 2025, Caipira foi sucedido no Deic por Ronaldo Sayeg. Meses depois, o Ministério Público de São Paulo solicitou o arquivamento das investigações que analisavam as menções do delator contra ele e outros delegados, vez que não foram encontradas provas concretas que sustentassem as acusações. Apesar disso, alguns elementos da investigação foram encaminhados ao Grupo de Atuação Especial de Combate ao Crime Organizado (Gaeco) para investigação de indivíduos sem foro privilegiado.
Ainda no âmbito das investigações, Caipira teve sua evolução patrimonial analisada por órgãos de controle, que investigaram suas aquisições de propriedades e a movimentação de grandes quantias financeiras relacionadas a empresas de segurança privada. Entretanto, essas apurações acabaram sendo arquivadas em 2024. No final de 2024, o delegado e sua esposa transferiram uma parte considerável de seus bens para uma sociedade anônima, fato que gerou especulações e discussões sobre a transparência de suas operações financeiras.
Com a nova nomeação, Fábio Caipira volta a ocupar um cargo de relevância dentro da estrutura da Polícia Civil paulista, dirigindo um departamento que é crucial para a execução de operações de alto risco e para a implementação de estratégias de combate à criminalidade no estado.
