Especialistas têm levantado questões pertinentes sobre as práticas judiciais adotadas nos inquéritos de Moraes, que incluem o uso recorrente de prisões preventivas e delações premiadas. Essas táticas, embora efetivas em alguns casos, têm suscitado uma série de críticas, especialmente no que diz respeito à falta de transparência e à resistência em atender pedidos das defesas, colocando em risco a legitimação do STF. De acordo com analistas como Miguel Gualano de Godoy, da Universidade Federal do Paraná, as semelhanças com a Lava Jato são inegáveis, uma vez que tanto os processos atuais quanto os da operação anterior revelaram crimes graves, mas ambos compartilham vícios prejudiciais.
Outro ponto destacado é a maneira como as relatorias estão sendo tratadas. Moraes, desde que assumiu a relatoria de inquéritos importantes, como o das fake news e atos antidemocráticos, começou a acumular outros casos sem sorteio, uma prática que levanta preocupações sobre a imparcialidade e a sobrecarga individual de um único juiz. Essas ações, longe de fortalecer a Justiça, podem, na verdade, comprometer a credibilidade do STF a longo prazo, caso não sejam revisadas.
A defesa de Jair Bolsonaro tem questionado a atuação de Moraes, citando o comportamento do magistrado durante as investigações, e argumentando que houve coleta de provas inadequada e falta de suporte da Procuradoria-Geral da República (PGR) em partes do processo. O caso de Mauro Cid, ex-ajudante de ordens de Bolsonaro, que se tornou uma figura central devido à sua delação, também tem gerado controvérsias. As provas obtidas por meio de quebras de sigilo e desdobramentos de investigações anteriores acrescentam camadas de complexidade a esse já intrincado cenário jurídico.
À medida que o debate se intensifica, tanto a confiança no STF quanto a trajetória dos inquéritos em curso continuam a ser monitoradas de perto, em uma trama que envolve questões de legalidade e a preservação da democracia brasileira.