Uma vez eleito vereador, Carlos não tinha o controle de seu próprio gabinete, uma vez que era sua madrasta, Ana Cristina Valle, quem selecionava os funcionários, incluindo parentes e conhecidos seus. O casamento de Bolsonaro com Ana Cristina foi marcado por um período de prosperidade, com aquisição de diversos imóveis entre 1998 e 2008.
A relação de Carlos com a política foi marcada por tentativas frustradas de se eleger deputado estadual em 2003 e pela derrota de seu irmão Flávio na candidatura a prefeito do Rio em 2016. No entanto, com a vitória de Jair Bolsonaro para a presidência em 2018, a família celebrou um novo momento. O presidente chegou a considerar nomear Carlos como ministro, mas a atual esposa, Michelle, não tem simpatia pelo enteado.
Recentemente, Carlos vive um misto de emoções com a conclusão do Ministério Público do Rio de que ele não estava ciente do esquema de rachadinha em seu gabinete, que desviou dinheiro público. O responsável pelo esquema foi identificado como Jorge Fernandes, homem de confiança de Carlos, que chegou a pagar dívidas do próprio vereador sem que ele percebesse.
Em nota, Carlos manifestou tranquilidade com o arquivamento da denúncia e demonstrou confiança na inocência de seus funcionários. Essa situação lembra o caso de Flávio Bolsonaro, que defendeu Fabrício Queiroz, envolvido em outro esquema de rachadinha. Flávio chegou a gravar um vídeo em apoio à candidatura de Queiroz para vereador, evidenciando mais uma vez os laços familiares conturbados.
Assim, a família Bolsonaro se vê envolvida em diversas polêmicas que revelam as intricadas relações políticas e pessoais que permeiam seus bastidores. A trajetória de Carlos é apenas um reflexo desse ambiente complexo e cheio de nuances que acompanha a saga dos Bolsonaro na política brasileira.