No entanto, no dia 23 de dezembro, o ministro Flávio Dino decidiu suspender o pagamento de 5.449 emendas de comissão, totalizando um montante de R$ 4,2 bilhões, condicionando a liberação das verbas ao cumprimento de uma série de condições, como a publicação das atas das reuniões de comissão que decidiram as destinações das emendas. Dino argumenta que é necessário conhecer o parlamentar solicitante das emendas para garantir a transparência e rastreabilidade na aplicação dos recursos públicos.
A decisão do ministro Flávio Dino surgiu em resposta a uma ação movida pelos partidos Psol e Novo e pelas entidades Associação Contas Abertas, Transparência Brasil e Transparência Internacional-Brasil. Eles questionaram um ofício enviado pela presidência da Câmara e por 17 líderes partidários ao Executivo indicando as emendas de comissão, alegando que as indicações foram feitas sem a aprovação das comissões, que tiveram suas reuniões suspensas entre os dias 12 e 20 de dezembro.
Além disso, Flávio Dino determinou a abertura de uma investigação pela Polícia Federal sobre as emendas de comissões em 2024. Arthur Lira, por sua vez, defendeu a suspensão das atividades das comissões como uma prática comum sempre que a Câmara precisa votar projetos importantes, destacando a importância de se debater temas cruciais para o país.