Durante entrevista ao jornal “Folha S. Paulo”, Malafaia manifestou sua decepção com a postura de Bolsonaro, esperando mais envolvimento do ex-presidente na campanha de Nunes e uma posição firme contra o candidato Pablo Marçal (PRTB). O líder evangélico também mencionou que enviou mais de 30 mensagens de WhatsApp para Bolsonaro, sem nunca ter recebido resposta do ex-presidente.
Em contrapartida, Malafaia elogiou a atuação do governador de São Paulo, Tarcísio de Freitas, pela sua presença constante ao lado de Nunes durante a campanha. O pastor criticou a falta de apoio direto de Bolsonaro a Nunes e questionou a confiabilidade do ex-presidente no meio político.
Como conselheiro de Bolsonaro e articulador de suas campanhas junto ao eleitorado evangélico, Malafaia é considerado um dos principais aliados do ex-presidente. Ele foi responsável pela convocação do ato de 7 de setembro na Avenida Paulista em favor do impeachment do ministro Alexandre de Moraes, do Supremo Tribunal Federal (STF), que é relator das investigações envolvendo Bolsonaro.
A relação entre Bolsonaro e Malafaia é marcada por apoios mútuos, especialmente durante a pandemia da Covid-19, quando o pastor defendeu o ex-presidente e pediu a intervenção das Forças Armadas contra os governadores devido às medidas restritivas. Além disso, Bolsonaro indicou o ministro André Mendonça, pastor da Igreja Presbiteriana, para o Supremo Tribunal Federal em um gesto de aproximação com o público evangélico.