Um dos principais pontos levantados refere-se à frota de trens, que é significativamente inferior à que era utilizada pela antiga concessionária, a SuperVia. Com 201 trens em operação na época, a SuperVia deixava um legado que agora se vê reduzido a apenas 143 composições na nova gestão. Essa diferença, de 48 trens, é atribuída à obsolescência e à retirada de unidades inservíveis.
Outro aspecto alarmante é a quantidade de lixo acumulada ao longo da malha ferroviária. Em diversos trechos, como o que abrange as estações de Triagem e Maracanã, montanhas de detritos são visíveis, destacando uma falta de cuidados com o espaço. Além disso, há casos de abandonos de carcaças de veículos, especialmente nas proximidades de comunidades onde a atuação de organizações criminosas é notória.
As estações também mostram sinais de degradação. Muitas delas carecem de acessibilidade e manutenção, com apenas algumas apresentando rampas e elevadores em funcionamento. A situação se agrava ainda mais nas estações de relevância, como Maracanã e Méier, onde as escadas rolantes estão paradas há anos. O custo para a recuperação desse sistema de acessibilidade é estimado em R$ 1,8 milhão.
Adicionalmente, a segurança da malha é uma preocupação crescente, com 97 pontos considerados críticos, exigindo vigilância constante para prevenir furtos e garantir o funcionamento adequado do sistema. Os gastos mensais com essas operações de segurança são de R$ 7 a R$ 8 milhões.
Por fim, há um total de pelo menos oito obras inacabadas que representam um entrave para a melhoria do serviço. Entre elas, destaca-se a construção de um reservatório de água na estação Central do Brasil, que é histórica e enfrenta problemas sociais ao seu redor, incluindo o consumo de drogas e a presença de camelôs. As dificuldades enfrentadas pelo sistema ferroviário evidenciam a urgência de uma reestruturação e um plano de ação eficaz para atender às necessidades dos usuários e garantir a continuidade do serviço.
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