O diretor de Auditoria de Políticas Sociais e de Segurança Pública da CGU, Cássio Mendes David de Souza, destacou que o relatório da auditoria não se limita a identificar os problemas, mas também busca por soluções para corrigi-los. Dentre as principais deficiências encontradas estão a falta de nutricionistas, a não aplicação da compra de 30% de alimentos da agricultura familiar, além de problemas nos espaços físicos e materiais para preparo das refeições.
Outro ponto abordado pela auditoria foi a atuação deficitária dos Conselhos de Alimentação Escolar, com destaque para a falta de capacitação e a ineficiência dos conselheiros. Marcelo Colonato, coordenador geral do Fórum Nacional dos Conselhos de Alimentação Escolar, ressaltou a importância da capacitação para o controle social do PNAE.
Além disso, a CGU alertou para a falta de capacidade do Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE) em monitorar o programa. Os auditores recomendaram que o FNDE estabeleça parcerias com outros órgãos de controle, promovendo pré-fiscalizações contínuas e estimulando a presença dos conselheiros de Alimentação Escolar nas escolas.
Diante dessas constatações, o FNDE se comprometeu em implementar ações até setembro, incluindo capacitações e parcerias com órgãos de controle. Em 2022, o PNAE liberou 3,5 bilhões de reais para beneficiar mais de 37 milhões de alunos da educação básica em todo o país.